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百日咳は，百日咳菌（Bordetella pertussis ）の感染によって罹る感染症ですが，一部はパラ百日咳菌の感染によって罹ります．特有のけいれん性の咳発作（痙咳発作）を特徴とする急性気道感染症で，母親からの免疫（経胎盤移行抗体）が期待できないため，乳児期早期から罹患し，1歳以下の乳児，ことに生後6カ月以下では死に至る危険性も高い感染症です．
百日咳は，感染症法に基づく4 類感染症定点把握疾患です．学校保健法に基づく第二種の伝染病に指定されており，登校基準としては，「特有の咳が消失するまで出席停止となる。ただし、病状により伝染のおそれがないと認められたときはこの限りではない」とされております．
百日咳は世界的に見られる疾患で，いずれの年齢でも罹りますが，患者は小児が中心となっています．また，重症化しやすく，死亡者の大半を占めるのは1 歳未満の乳児，ことに生後6カ月未満の乳児です．
わが国における百日咳患者の届け出数は，ワクチン開始前には10万例以上あり，その約10%が死亡していました．現在，わが国では副作用の少ない百日咳ワクチン（aP）を含むDPT 三種混合ワクチン接種が行われており，1994年10月からはDPTワクチンの接種開始年齢がそれまでの2歳から3カ月に引き下げられました．百日咳は，全国約3,000の小児科定点から報告されておりますが，2000年3,787例，2001 年1,800例，2002年1,488 例となっております．また，この報告数を元に算出した年間罹患数の推計値は2000年2.8万人，2001年1.5万人と推定されています．
百日咳がそのようにして発症するかは未だ解明されていませんが，百日咳菌の有する種々の生物活性物質の一部が，病原因子として発症に関与すると考えられています．
カタル期（約2週間持続）：通常7〜10日間程度の潜伏期を経て，普通のかぜ症状で始まり，次第に咳の回数が増えて程度も激しくなります．
痙咳期（約2〜3週間持続）：次第に特徴ある発作性けいれん性の咳（痙咳）となります．これは短い咳が連続的に起こり，続いて，息を吸う時に笛の音のようなヒューという音が出る状態です．しばしば嘔吐を伴うこともあります．発熱はないか，あっても微熱程度です．息を詰めて咳をするため，顔面の静脈圧が上昇し，顔面浮腫，点状出血，眼球結膜出血，鼻出血などがみられることもあります．非発作時は無症状ですが，何らかの刺激が加わると発作が誘発されます．年令が小さいほど特徴的な症状が少なく，乳児期早期では特徴的な咳がなく，単に息を止めているような無呼吸発作からチアノーゼ，けいれん，呼吸停止と進展することがあります．合併症としては肺炎の他，発症機序は不明ですが脳症も重要な問題で，共に死率を高めます．
回復期（2,3週〜）：激しい発作は次第に減衰し，2〜3週間でみられなくなりますが，その後も時折忘れた頃に発作性の咳が出ます．全経過約2〜3カ月で回復します．
成人の百日咳では咳が長期にわたって持続しますが，典型的な発作性の咳嗽を示すことはなく，やがて回復に向かいます．軽症で診断が見のがされやすいですが，菌の排出があるため，ワクチン未接種の新生児・乳児に対する感染源として注意が必要です．
