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主にコガタアカイエカによって媒介され，日本脳炎ウイルス（Japanese encephalitis virus）によっておこるウイルス感染症であり，ヒトに重篤な急性脳炎をおこします．日本脳炎は4 類感染症全数把握疾患であり，診断した医師は7日以内に最寄りの保健所に届け出ることになっています．
世界的には年間3〜4万人の日本脳炎患者の報告がありますが，日本では，1966 年の2,017人をピークに減少しており，1992 年以降発生数は毎年10人以下で，ほとんどが高齢者です．しかし，毎夏日本脳炎ウイルスを持った蚊は発生しており，国内でも感染の機会はなくなっていません．
ヒトからヒトへの感染はなく，増幅動物（ブタ）の体内で増えたウイルスを，蚊が吸血し，その上でヒトを刺した時に感染します．ヒトで血中に検出されるウイルスは一過性で，量的にも極めて少なく，自然界では終末の宿主です．
感染しても日本脳炎を発病するのは100〜1,000人に1人程度で大多数は無症状で終わります．
潜伏期は6 〜16 日間で，定型的な病型は髄膜脳炎型ですが，脊髄炎症状が顕著な脊髄炎型の症例もあります．
典型的な症例では，数日間の高い発熱（38〜40 ℃以上），頭痛，悪心，嘔吐，眩暈などで発病します．小児では腹痛，下痢を伴うことも多いです．
引き続き急激に，項部硬直，光線過敏，種々の段階の意識障害とともに，筋強直，脳神経症状，不随意運動，振戦，麻痺，病的反射など神経系障害を示唆する症状が出現します．感覚障害は稀で，麻痺は上肢に多くみられます．痙攣は小児では多いですが，成人では10%以下です．
死亡率は20〜40%で，幼少児や老人では死亡の危険が大きくなっています．精神神経学的後遺症は生存者の45〜70%に残り，小児では特に重度の障害（パーキンソン病様症状，痙攣，麻痺，精神発達遅滞，精神障害など）を残すことが多いです．
症状が現れた時点で，すでにウイルスが脳内に達し脳細胞を破壊しているため，
将来ウイルスに効果的な薬剤が開発されたとしても，一度破壊された脳細胞の修復は困難と考えられます．日本脳炎の予後を30 年前と比較しても，死亡例は減少していますが全治例は約3分の1とほとんど変化していません．
予防が最も大切な疾患で，予防の中心は蚊の対策と予防接種です．不活化ワクチンが予防に有効で，第I 期として3歳で1〜2週間間隔で2回，さらに1年後に1回の計3回，第II 期として9〜12歳に，第III 期として14〜15歳にそれぞれ1回追加接種します．